1929年春，史语所迁至北平后，傅斯年立即着手筹划对这批明清档案的整理。
首先，无论从哪个角度看，这些分散的档案，还是集中到一处整理的好。而十二多万斤的纸张，光存放保管就需要不小的地方，何况还要进行整理。为了找到合适的地方，傅斯年可是下了一番功夫。找来找去，他看好属于历史博物馆的午门楼。
经过一番操作，一直到这一年的7月，由教育部出面将此房舍拨给中央研究院，再由中央研究院决定，交由历史语言研究所使用。
地方有了，傅斯年随即找人对午门东西廊房进行了简单的整修，拟作为为工作室之用。同时购进了整理用具。
与此同时，傅斯年派人将存放于天津的部分，运回北平。存放北平的部分，也陆续运到午门楼。待平津两地档案陆续运至，傅斯年已经组织起了“历史语言研究所明清史料编刊会”，他与陈寅恪、朱希祖、陈垣、徐中舒5人为编刊委员。
明清档案整理，无疑应当是第一组（历史学）的业务。陈寅恪博作为第一组的主任，理当由他来主持这项工作的。
这样特殊的档案整理，无疑对人的学识水平要求是很高的。这对于博学多识，精通满蒙文字，长于文史考证的陈寅恪来说，自然是得心而应手。但是，一方面，陈寅恪当时虽已出任史语所第一组主任之职，却仍在清华、北大兼课，时间上很难不与档案整理发生冲突，另一方面，陈寅恪这位学问大家，组织领导和许多事务的张罗，恐怕并非其所长。
对这样大的量的档案的整理，需要人手，也就需要对人的组织领导，加之后勤保障等繁杂的事务，光靠陈寅恪这个第一组的主任肯定是勉为其难的。包括档案整理之规划，人员的组织和安排，实际上很多都是由傅斯年包办的。
朱希祖是北京大学的教授，傅斯年的老师，他曾用心采辑明季史事，参加过北大所接收的清内阁档案的整理，在这方面很有经验。
陈垣当时是故宫博物院理事，掌文献部，曾领导、规划清宫档案的分类整理，是这方面的专家。他拟定的《整理档案八法》，即分类、分年、分部、分省、分人、分事、摘由、编目，仍为这次档案整理基本指南。他们二人名为编辑委员，实为傅斯年所聘之高级顾问。
而关于档案收藏、整理、刊布等大政方针的制定和执行，也都是傅斯年在居中谋划。而具体之业务活动，则多由本史语所第一组的研究员徐中舒具体负责。
徐中舒（1898年10月15日—1991年1月9日），初名道威，安徽省怀宁县(今安庆市)人。中国现代著名历史学家、古文字学家。1926年毕业于清华大学研究院国学门，师从王国维、梁启超等著名学者
1928年起，先后在复旦大学、暨南大学、中央研究院历史语言研究所、北京大学任教授、研究员。1937年，应中英庚款与四川大学的协聘，来到四川大学历史系，除短期在武汉大学、华西协合大学、燕京大学、中央大学兼课外，终身执教于此。
1949年以后，徐中舒又先后担任过中国科学院哲学社会科学部学术委员、国务院学位委员会委员等职。曾任中国先秦史学会理事长。
徐中舒博涉民族史、地方史、明清史、中国文学史等领域，将之融铸一炉，相互参证，在国际学术界享有盛誉。在文字学方面，徐中舒的《金文嘏辞释例》一书乃是治金文者的必读参考资料。他主编的《汉语大字典》是目前收录文字最多、释义最全的汉语字典，成为中国辞书出版史上一座里程碑，而他主编的《甲骨文字典》则被认为是甲骨学史上划时代的巨著。
当然，这为后话。
9月底，这次为整理档案专门招聘来的20多名档案整理人员，分成6个小组，整理工作也随之而全面展开。
至1930年7月，这批档案已清理出十之七八，其余部分均已破烂不堪，不少是片纸只字，无法连贯，整理起来十分困难。他们把这些未经整理的档案重新装入麻袋，打算日后再作处理。
在清理这批档案的同时，傅斯年制定了一个庞大的出版计划。他准备一边进行清理、分类、编目，一边刊布印行《明清史料》，将整理所得公之于世。
他在《〈明清史料〉发刊例言》中写道：
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